1995年,毛裕民,谢毅教授经过探索,共同开发出高效全长cDNA克隆测序技术,克服了重复率高、丰度低和完整性差的世界难题。
1997年高效全长基因克隆和测序技术在实验室中得到了充分的认证，技术已成熟，具备了大规模流水作业的条件。
1997年11月,第一台377测序仪到位，研究小组人员利用自己的积蓄和借款共同投入,自己充当风险投资的角色。
1998年初,高效基因克隆和测序技术体系成熟,进入大规模流水线式生产。
1998年3月，上海生元基因开发有限公司成立,上海新黄浦集团投资7千万现金,复旦大学的高效克隆和测序技术作价3千万元，占30%的股份，上海新黄浦集团投资7000万元现金，占70%股份。
1998年3月，上海博德基因开发有限公司成立。
1998年12月，上海博道基因技术有限公司和由复旦大学校办科技企业上海复旦生物技术实业公司改制而成的民营科技企业上海复旦生物科技有限公司正式成立，高通量基因功能研究技术作价2000万元入股复旦生物科技。
在此期间，还有不少战略投资者也介入了联合基因的其他子公司。
1999年9月，“基因芯片的研制及应用研究”通过上海市科委技术鉴定，为国内首创。
1999年12月，“基因数据库及分析管理系统”通过上海市科委技术鉴定，达到国内领先、国际先进水平，成为国内第一个自主开发的大型人类基因数据库。该数据库包含所有国际公开数据库中的基因数据以及公司独有的新基因数据和相关信息，拥有47000多组Unigene，10000多条人类全长基因的克隆，其中6000多条是公司专有的新基因克隆。
2000年 1月，为了对已有公司的资源进行更有效的整合，深入开发基因的潜在价值，毛裕民、谢毅等技术人员与最紧密的合作伙伴将各自持有的股权经过购并等方式，组建成联合基因科技有限公司。
2000年3月，首次制成一套（共5片）点有17. 5万个克隆，代表40000余中基因的高密度研究用表达谱芯片。
2000年6月，上海博容基因开发有限公司成立。
2000年8月，联合基因集团以自主开发的基因芯片技术作价2.5亿元人民币，与广东肇庆星湖生物科技股份有限公司共同成立中国最大的芯片公司上海博星基因芯片有限责任公司，总投资5亿元，创中国生物技术作价之最。
2000年10月，集团旗下从事人类全长新基因功能研究的专门机构上海联众基因科技研究院成立。
2000年起，复旦生物科技公司开始研发人类易感基因检测产品和服务，是国内最早开展人类基因检测服务的企业之一。
2001年6月，联合基因自主研发的“Biodoorchip4000基因芯片（微矩阵）”被评为上海市优秀新产品一等奖。
2001年6月，“基于基因芯片的抗肿瘤药物筛选模型”通过上海市科委鉴定。
2001年7月“基因芯片基片”通过市科委鉴定，被认定为市高新技术成果转化项目。
2001年7月，“寡核苷酸芯片的研制与应用”项目通过市科委成果鉴定。
2001年7月，“博星高密度cDNA芯片技术的研究与应用”项目通过市科委鉴定，被认定为高新技术成果转化项目。
2001年，博星公司芯片生产和服务系统通过ISO9001质量认证。
2002年1月，联合基因集团通过协议收购精优药业29.95%的股权，成为其第一大股东。
2002年2月，精优药业出价9500万港币从联合基因购买了十九条糖尿病相关基因专利的经营权，联合基因协议收购了香港上市公司—精优药业控股有限公司近30%的股份，成为第一大股东，联合基因可控资产规模扩大至近20亿。
2002年3月，“基因芯片技术及产品的应用研究与开发”获上海市科技进步一等奖。
2002年8月，联合基因集团被评为第二届全国民营科技创新先进单位。
2002年10月，联合基因集团荣获首届上海科技企业创新奖。
截止2002年10月联合基因已申请3800多项药物发明专利，其中245项进入国际阶段，包括肿瘤相关基因、肥胖基因受体相关基因、高血压血管紧张素相关基因和老年痴呆症相关基因等极具临床应用和药物开发前景的重要功能基因。
2003年6月，博星公司被授予杨浦知识创新区首批“科技创业带头人”称号。
2003年，公司推出第一款可用于商业化检测服务的人类易感基因检测产品。
2004年5月，香港精优药业间接控股的福士生物工程公司与清华大学合作研发的口服胰岛素项目，通过国家食品药品监督局的临床批准，进入二期临床实验。
2004年8月，联合基因被列入上海市首批博士后创新实践基地流动站。
2004年10月，联合基因与挪威三文鱼基因组计划合作项目签约仪式在北京举行，为我国的基因产品和服务走向世界作出了贡献。
2004年12月公司提出“全民健康基因系统工程”，开始基因检测服务的市场推广。
联合基因对我国基因工程领域的贡献被编入由中国人事出版社2005年出版的国家公务员自然科学丛书《基因工程概论》一书。
2005年12月21日，东方卫视新闻频道以“上海立项研究‘健康产业’发展走向”为题，对上海生物科技及健康产业发展走向和联合基因目前正在开展的健康基因检测业务进行了报道。
2006年1月，李瑶荣获国务院颁发的2004年度政府特殊津贴证书。
2006年3月1日，中央电视台科技之光栏目以“基因检测与保存”为题介绍了联合基因在基因检测技术及应用方面的进展情况。
2006年4月5日，联合基因与泰州姜堰市政府、溱潼镇政府签署联合基因溱湖健康产业园项目合作协议。联合基因溱湖健康产业园占地1500亩，首期开发的200亩是我集团口服胰岛素项目生产基地，该基地在未来五年内将完成2亿元投资，并实现30亿元年产值。
2006年6月，联合基因党支部书记王琦被中共上海市委授予“上海市优秀党务工作者”荣誉称号。
2006年7月8日，由上海市百老德育讲师团和联合基因科技集团共同主办的“上海百老----联合基因中国健康产业促进大会”在复旦科技园隆重召开。会上发表了联合宣言，成立了“上海百老----联合基因全民健康专家讲师团”，共同面向全国推广“全民健康基因检测系统工程”。
2006年9月，联合基因制定的基因检测技术标准（企业标准）通过国家质量技术监督部门的审定，正式发布施行。该标准是国内关于疾病易感基因检测方面的第一套技术标准。
2006年9月，在复旦大学生命科学院建院20周年之际，联合基因集团在学院发起设立谈家桢生命科学青年教师基金，并向该基金捐赠100万。
2006年9月28日，由《科技日报》主办的第五届中国科学家论坛在北京人民大会堂召开，毛裕民教授应论坛的邀请作为生物医药科技与产业领域的代表性专家在论坛上发表了题为“国外基因检测的现状及中国政府的对策”的主题演讲。
2006年11月16日，上海市生物医药行业协会召开第二届第一次会员大会，毛裕民被授予上海市生物医药行业协会名誉会长，谢毅等九位同志当选为协会副会长，崔峻被聘任协会副秘书长。
2006年12月，毛裕民同志当选上海市杨浦区第十四届人民代表大会代表。
2006年12月，由毛裕民、谢毅领导的课题组承担的国家863项目“利用基因芯片数据构造前列腺癌基因调控网络”课题正式立项。
2007年3月9日，诺和诺德公司执行副总裁、首席科学家唐迈之博士和高级副总裁柯彼得一行来联合基因集团访问，集团董事长毛裕民、总裁谢毅会见了来自世界鼎级生物制药和销售公司的两位重要客人。
2007年3月18日，联合基因检测销售中心在香港成立。
2007年4月，李瑶被上海市政府授予上海市劳动模范，4月27日上海电视台新闻综合频道以《劳模风采》为题，报道了李瑶博士等四位劳模代表的先进事迹。
2007年5月27日，集团召开董事会扩大会议，回顾联合基因近十年的风雨历程，总结经验，找出不足，提出了建设新型的高科技产业集团的新的奋斗目标。会议认为，现在是联合基因建立以来的最好时期。
截止2007年10月，联合基因科技集团及毛裕民、谢毅课题组承接和完成的国家863项目、973项目、国家自然科学基金项目、省部委项目、大学和科研院所及企业项目等84项。