1995年,毛裕民,谢毅教授经过探索,共同开发出高效全长cDNA克隆测序技术,克服了重复率高、丰度低和完整性差的世界难题。
1997年高效全长基因克隆和测序技术在实验室中得到了充分的认证，技术已成熟，具备了大规模流水作业的条件。
1997年11月,第一台377测序仪到位，研究小组人员利用自己的积蓄和借款共同投入,自己充当风险投资的角色。
1998年初,高效基因克隆和测序技术体系成熟,进入大规模流水线式生产。
1998年3月，上海生元基因开发有限公司成立,上海新黄浦集团投资7千万现金,复旦大学的高效克隆和测序技术作价3千万元，占30%的股份，上海新黄浦集团投资7000万元现金，占70%股份。
1998年3月，上海博德基因开发有限公司成立。
1998年12月，上海博道基因技术有限公司和由复旦大学校办科技企业上海复旦生物技术实业公司改制而成的民营科技企业上海复旦生物科技有限公司正式成立，高通量基因功能研究技术作价2000万元入股复旦生物科技。
在此期间，还有不少战略投资者也介入了联合基因的其他子公司。
1999年9月，“基因芯片的研制及应用研究”通过上海市科委技术鉴定，为国内首创。
1999年12月，“基因数据库及分析管理系统”通过上海市科委技术鉴定，达到国内领先、国际先进水平，成为国内第一个自主开发的大型人类基因数据库。该数据库包含所有国际公开数据库中的基因数据以及公司独有的新基因数据和相关信息，拥有47000多组Unigene，10000多条人类全长基因的克隆，其中6000多条是公司专有的新基因克隆。
2000年 1月，为了对已有公司的资源进行更有效的整合，深入开发基因的潜在价值，毛裕民、谢毅等技术人员与最紧密的合作伙伴将各自持有的股权经过购并等方式，组建成联合基因科技有限公司。
2000年3月，首次制成一套（共5片）点有17. 5万个克隆，代表40000余中基因的高密度研究用表达谱芯片。
2000年6月，上海博容基因开发有限公司成立。
2000年8月，联合基因集团以自主开发的基因芯片技术作价2.5亿元人民币，与广东肇庆星湖生物科技股份有限公司共同成立中国最大的芯片公司上海博星基因芯片有限责任公司，总投资5亿元，创中国生物技术作价之最。
2000年10月，集团旗下从事人类全长新基因功能研究的专门机构上海联众基因科技研究院成立。
2000年起，复旦生物科技公司开始研发人类易感基因检测产品和服务，是国内最早开展人类基因检测服务的企业之一。
2001年6月，联合基因自主研发的“Biodoorchip4000基因芯片（微矩阵）”被评为上海市优秀新产品一等奖。
2001年6月，“基于基因芯片的抗肿瘤药物筛选模型”通过上海市科委鉴定。
2001年7月“基因芯片基片”通过市科委鉴定，被认定为市高新技术成果转化项目。
2001年7月，“寡核苷酸芯片的研制与应用”项目通过市科委成果鉴定。
2001年7月，“博星高密度cDNA芯片技术的研究与应用”项目通过市科委鉴定，被认定为高新技术成果转化项目。
2001年，博星公司芯片生产和服务系统通过ISO9001质量认证。
2002年1月，联合基因集团通过协议收购精优药业29.95%的股权，成为其第一大股东。
2002年2月，精优药业出价9500万港币从联合基因购买了十九条糖尿病相关基因专利的经营权，联合基因协议收购了香港上市公司—精优药业控股有限公司近30%的股份，成为第一大股东，联合基因可控资产规模扩大至近20亿。
2002年3月，“基因芯片技术及产品的应用研究与开发”获上海市科技进步一等奖。
2002年8月，联合基因集团被评为第二届全国民营科技创新先进单位。
2002年10月，联合基因集团荣获首届上海科技企业创新奖。
截止2002年10月联合基因已申请3800多项药物发明专利，其中245项进入国际阶段，包括肿瘤相关基因、肥胖基因受体相关基因、高血压血管紧张素相关基因和老年痴呆症相关基因等极具临床应用和药物开发前景的重要功能基因。
2003年6月，博星公司被授予杨浦知识创新区首批“科技创业带头人”称号。
2003年，公司推出第一款可用于商业化检测服务的人类易感基因检测产品。
2004年5月，香港精优药业间接控股的福士生物工程公司与清华大学合作研发的口服胰岛素项目，通过国家食品药品监督局的临床批准，进入二期临床实验。
2004年8月，联合基因被列入上海市首批博士后创新实践基地流动站。
2004年10月，联合基因与挪威三文鱼基因组计划合作项目签约仪式在北京举行，为我国的基因产品和服务走向世界作出了贡献。
2004年12月公司提出“全民健康基因系统工程”，开始基因检测服务的市场推广。
联合基因对我国基因工程领域的贡献被编入由中国人事出版社2005年出版的国家公务员自然科学丛书《基因工程概论》一书。
2006年9月，联合基因制定的基因检测技术标准（企业标准）通过国家质量技术监督部门的审定，正式发布施行。该标准是国内关于疾病易感基因检测方面的第一套技术标准。
2006年11月，发起设立“复旦大学谈家桢生命科学青年教师基金”。
2007年3月18日，联合基因检测销售中心在香港成立。
十七大期间，新华社连续发文，肯定联合基因在自主创新方面取得的成绩。人民日报文章提到：“华为、中兴、中星微、联合基因、三一集团……在中国企业中，坚持自主创新、建设创新型国家战略的积极践行者还有很多。它们在本行业的崛起，令世界瞩目。”
2007年12月15日-16日，在中国科协支持下，由中国高科技产业化研究会、世界健康产业协会和联合基因科技集团共同主办的首届中国国际人体基因科学与健康产业论坛在北京人民大会堂举行。全国政协副主席郝建秀出席了大会开幕式。
2008年4月，李瑶博士荣获“全国五一劳动奖章”。目前集团已有两位教授获此殊荣。
2008年4月，公司基因检测中心获得“中国合格评定国家认可委员会”（CNAS）颁发的《实验室认可证书》。是国内第一家获得此项认证认可的基因检测机构。
2008年12月，联合基因集团成功收购远东生物制药科技有限公司75%的股份，成为国内首家以基因技术为核心业务的香港主板上市公司。
2008年下半年，联合基因澳门实验室正式建立，复旦健康国际（澳门离岸商务服务）有限公司和华夏联合基因健康检测技术产业（澳门离岸商务服务）有限公司相继成立。
2009年上半年，联合基因正式推出“天赋基因检测”业务。
2009年3月，联合基因下属公司上海联众基因科技研究院申请的“一次性使用口腔脱落细胞采样棒”获得国家知识产权局颁发的实用新型专利证书。
2009年6月2-3日，由全国政协人口资源环境委员会、致公党中央、九三学社中央和科技部共同主办，联合基因集团协办的“中国基因科学暨产业发展高峰论坛”在北京举行。
2009年6月，联合基因（上海）健康管理服务有限公司成立。标志着基于基因组学的健康服务业务开始推向全国市场。
2010年6月2-3日，由全国政协人口资源环境委员会、民革中央委员会、农工党中央委员会、致公党中央委员会、九三学社中央委员会、国家发展和改革委员会、科技部、财政部、农业部、卫生部等单位联合主办，联合基因集团协办的“第二届中国生物科技与产业发展论坛”在京举行。